La qualité des eaux s’améliore dans les cours d’eau du bassin Rhône-Méditerranée, mais plusieurs secteurs la qualité des eaux reste mauvaise. L’Agence de l’eau Rhône Méditerranée Corse a présenté son rapport sur l’état des eaux, observé en 2013, d’après 15 millions d’analyses de surveillance des cours d’eau, nappes et plans d’eau : 10 millions pour les cours d’eau ; 4,5 millions pour les eaux souterraines ; 500 000 pour les plans d’eau.
La révision de l’état des lieux des eaux des bassins fin 2013, préalable à la définition du programme de mesures pour le SDAGE ( Schéma Directeur d’Aménagement et de Gestion des Eaux) 2016-2021, a été l’occasion de faire le point sur l’évolution de l’état des eaux superficielles et souterraines des bassins Rhône Méditerranée et Corse, dans le cadre du programme de surveillance de l’état des eaux au cours des années 2008 à 2013.
L’amélioration la qualité globale des cours d’eau est nette entre 2008 et 2013, mais le bon état n’est pas encore une réalité. Sur 694 stations représentatives de la qualité globale des cours d’eau ou des sites subissant des pressions, 16 % de sites s’améliorent entre les années 2009 et 2013. L’état écologique des masses d’eau est resté globalement stable entre les deux bilans réalisés (2009 et 2013) pour les 2835 masses d’eau cours d’eau, le pourcentage de masses d’eau en bon état est de 52 %.
Avec peu d’activités agricoles polluantes, peu d’activités industrielles, de moindres populations les Alpes et la Corse concentrent le plus grand nombre de rivières en bon état.
C’est l’état moyen, qui connait la plus forte progression.
Les états les plus dégradés sont constatés surtout sur les stations placées sur les cours d’eau subissant des pressions de toutes natures. Les territoires les plus marqués par une dégradation sont le bassin versant de la Saône. La qualité des eaux est mauvaise pour le cours supérieur de la Saône, pour ses affluents l’Ognon, pour le canal Rhin Rhône, pour le Doubs dans son cours moyens, pour la Saône elle-même. La situation est mauvaise pour les affluents de la rive droite de la rivière à la hauteur de Chalon sur Saône, un secteur de viticulture.
Plus en aval, la qualité des eaux de la Saône est donc médiocre, comme celle de certains affluents. La qualité est ainsi mauvaise pour les affluents de la rive gauche, comme la Reyssouze, la Seille, et reste médiocre pour la Veyle, cours d’eau qui traverse des zones de grandes cultures, mais dont le cours a été fortement dégradé, faute d’entretien.
Les eaux du Rhône diluent cette mauvaise qualité, mais se dégradent à nouveau avec des affluents comme la Galaure, la Drôme, les moyennes et basse vallées du Rhône/. Ponctuellement la situation est mauvaise dans des secteurs de viticulture du Languedoc et du Roussillon .
