En analysant le génome micro-organismes vivant près des élevages de saumons, il est possible de mesure précisément l’impact de ces installations.
L’élevage de saumons est l’une des activités les plus importantes de l’aquaculture marine. Son impact environnemental est dû à l’accumulation de déchets alimentaires, de matières fécales, de produits utilisés pour nettoyer les cages, et de médicaments .
L’impact est aujourd’hui évalué par le suivi de certaines espèces de petite taille vivant dans les sédiments au dessous des cages. L’identification visuelle de cette faune au microscope demande de recourir à des spécialistes et consomme du temps.
En collaboration avec des chercheurs du Scottish Association of Marine Sciences (Royaume-Uni) et de l’Université d’Aarhus (Danemark), le généticien Jan Pawlowski, professeur à la Faculté des sciences de l’Université de Genève (UNIGE),a effectué des prélèvements de sédiments à des distances spécifiques de deux élevages de saumons au coeur de fjords écossais.
«Nous avons employé des sortes de codes-barres génétiques, qui reconnaissent des fragments particuliers d’ADN et d’ARN extraits des sédiments. Ces hameçons sont constitués de séquences d’ADN variables entre espèces, mais conservées au sein d’une même espèce», explique Franck Lejzerowicz, doctorant au sein de l’équipe du professeur. L’étude a été publiée dans la revue Molecular Ecology Resources.
Les codes-barres génétiques employés permettent d’identifier les espèces de foraminifères des sédiments, des bio-indicateurs reconnus. Les généticiens ont à l’aide du séquençage d’ADN à haut débit, traité un grand nombre d’échantillons. L’ étude a révélé de grandes variations entre les espèces de foraminifères collectées près des élevages et celles provenant de sites distants.
Ce type de diagnostic écologique a permis d’établir une corrélation entre la richesse des espèces et la distance par rapport aux cages. Le même type de corrélation a été établi en fonction du degré d’oxygénation des sédiments. Les biologistes ont découvert une nouvelle espèce de foraminifères, qui pourrait servir de bio-indicateur d’enrichissement organique.
Cette technologie dite de metabarcoding permet de fournir des informations sur la diversité globale des micro-organismes présents dans tous les échantillons. Elle est adaptée à des tests de grande envergure, car elle est beaucoup plus rapide, plus fiable et plus facile à standardiser que les procédés actuels. www.unige.ch
