Les gènes de résistance aux antibiotiques sont abondants dans tous les milieux naturels. C’est normal puisque les antibiotiques sont souvent extraits de bactéries et de champignons des sols . Ce constat a été effectué par Joseph Nesme, doctorant au laboratoire Ampère, de l’Université de Lyon dans un article publié dans la revue Current Biology.
La plus large étude métagénomique sur l’antibiorésistance dans les séquences d’ADN de communautés microbiennes à travers le monde a montré que les bactéries contiennent ces gènes réellement abondants dans la nature. Les résultats ont été rapportés dans un article signé par Joseph Nesme, doctorant de l’Université de Lyon, sous la responsabilité de Pascal Simonnet, directeur de recherche au CNRS, dans Cell PRESS, Current biology publié le 8 mai, et confirme les preuves selon lesquelles des gènes résistantes à des antibiotiques se trouvent dans les environnements naturels.
Les chercheurs expliquent que cette étude met l’accent sur la relation importante entre la résistance antibiotiques en milieu clinique et en milieu naturel. L’environnement est connu pour être l’hôte de traits de résistance chez des bactéries comme l’ont prouvé de nombreuses études précédentes, nous ne connaissons pas leur abondance explique Joseph Nesme, de l’Université de Lyon. « Le fait que nous puissions détecter des gènes de résistance antibiotiques relativement nombreux dans chaque environnement est sans doute le résultat le plus frappant de nos études.”
Les chercheurs, y compris Joseph Nesme lui-même et Pascal Simonnet, responsable de l’étude ont expliqué. “Notre stratégie a consisté à utiliser toutes ces données préexistantes et à les combiner avec la recherche de la prévalence de l’antibiorésistance dans ‘l’environnement”’ explique Joseph Nesme.
Résistance à la vancomycine, à la tétracycline
Les chercheurs ont trouvé la présence de gènes de résistance à des antibiotiques dans les 71 environnements pour lesquelles des données publiques existaient déjà que ce soit dans les océans ou dans des feces humains. Des échantillons collectés dans des sols différents ont montré divers ensembles de gènes de résistance. La résistance la plus répandue est la résistance à la vancomycine, la tétracycline ou aux antibiotiques beta-lactam communément utilisés en médecine humaine et en médecine vétérinaire. Pascal SIMONNET souligne que les technologies actuelles ne permettent pas de connaitre la diversité génétique bactérienne de nos environnements. Une partie du tableau manque encore.
En fait, rappellent les chercheurs, la présence de gènes résistants dans les microbes s’explique simplement. En effet, la plupart des antibiotiques utilisés en médecine sont isolés à partir d’antibiotiques d’organismes du sol , en premier lieu des bactéries ou des champignons. Cela signifie que les résistances existaient bien longtemps avant que les hommes mettent au point les antibiotiques.
Les deux chercheurs expliquent que les recherches montrent simplement qu’il faut élargir l’étude des résistances naturellement présentes dans l’environnement. Ce n’est qu’en comprenant la manière dont les résistances des antibiotiques se développent de l’environnement vers les pathogènes trouvés en milieux cliniques et mènent à l’échec des traitements antibiotiques, que nous pourrons produire des antibiotiques plus efficaces .
michel.deprost@enviscope.com
