La Chambré régionale des Comptes Rhône-Alpes Auvergne a dans son rapport d’observation sur l’Opéra, souligné que l’association Opéra national de Lyon, de ” type fermé” doit faire preuve d’une plus grande rigueur de gestion.
Le coût total de fonctionnement du bâtiment est de 3 066 387 € pour 2009, en augmentation de 63 % depuis 2005. Cette augmentation est limitée à environ 7,5 % si l’on en exclut notamment le loyer, mis en place en 2006, et les travaux exceptionnels.
Le budget, dépendant à environ 80 % des participations publiques, varie de 33 à 35 M€ entre 2005 et 2009. Le résultat courant, fortement négatif en 2005, a atteint plus de 1,3 M€ en 2008, pour rester positif à un niveau moindre en 2009. La ville de Lyon met à disposition 217 fonctionnaires en équivalent temps plein en 2010 pour un effectif d’un peu plus de 400 équivalents temps plein. En matière d’absentéisme, la distorsion est nette entre les agents communaux et les employés de l’association avec, en 2010, 8,27 jours par salarié privé contre 19,12 jours pour le personnel public.Des contrôles de l’URSSAF et des services fiscaux ont conduit à divers redressements, pour près de 150 000 €. L’association a été condamnée pour rupture abusive de contrat de travail et licenciement sans cause réelle et sérieuse à payer 97 000 € d’indemnisation.
L’immeuble abritant l’Opéra, propriété de la commune de Lyon, est loué par cette dernière, le loyer de 980 000 € est compensé par le montant des subventions.