L’ONCFS rappelle que les résultats de tous les indices, y compris génétiques, collectés par le réseau loup sont publiés.L’Office a engagé une démarche de confrontation entre Antagene et ForGen pour investiguer conjointement sur les divergences. Alors que les méthodes utilisées par Antagene sont décrites dans un rapport disponible en ligne l’ONCFS n’arrive pas à obtenir de description précise des méthodes utilisées par ForGen.
ForGen ne travaillait pas sur l’ADN mitochondrial pour établir l’espèce et sa lignée alors que c’est le standard dans la communauté scientifique internationale. Cependant, la récente communication du collectif L113 à propos du loup de Bayons indique que, pour ce cas précis, une analyse mitochondriale a été réalisée. Mais la phrase « Les analyses mitochondriales, comparées à la base de données internationale, l’ont confirmé en décelant dans sa lignée maternelle 5 types de chiens et 10 types de loups issus d’Eurasie (même d’Alaska) et un peu d’italien. » est particulièrement difficile à interpréter sans disposer de plus de détails sur les analyses pratiquées puisque l’ADN mitochondrial permet de caractériser certaines lignées et non d’identifier des croisements.
L’hybridation ne peut être décelée que par une analyse fine de l’ADN hérité des deux parents (l’ADN nucléaire). Pour deux espèces extrêmement proches comme le loup et le chien (plus de 99% d’ADN commun), un panel de marqueurs permet d’assigner par une méthode statistique des combinaisons d’allèles caractéristiques des différentes populations susceptibles de se croiser (loups et chiens) et de leurs hybrides. La méthode d’interprétation et d’attribution des différentes combinaisons rencontrées
