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Le séquençage du génome du chêne pédonculé achevé

Des équipes de l’Inra et du CEA viennent de séquencer le génome du chêne pédonculé (Quercus robur).  Ces travaux permettront de mieux comprendre les mécanismes d’adaptation des arbres aux variations environnementales et anticiper leurs réponses au changement climatique. Un premier article sera publié en libre accès dans Molecular Ecology Resources.

Le chêne pédonculé fait partie de la section botanique la plus importante du genre Quercus : les chênes blancs, dont on dénombre 200 espèces en Europe, en Asie et en Amérique. Le consortium de recherche était piloté par l’Inra de Bordeaux-Aquitaine, en partenariat avec le Centre National de Séquençage du CEA (Génoscope). La démarche est un résultat du projet « GENOAK » (Séquençage du génome du chêne et identification de gènes d’intérêt adaptatifs chez les arbres forestiers), co-financé par l’Agence Nationale de la Recherche.

L’information génétique est portée par 12 paires de chromosomes, avec 50 000 gènes,  la moitié des 1,5 milliard de paires de base du génome étaat constituée d’éléments répétés. Le séquençage permet d’analyser et de comprendre la fonction des gènes d’un arbre emblématique. Le génome aura valeur de référence pour les autres espèces de chênes blancs et pour des espèces plus éloignées de la famille des Fagacées (Châtaignier ou Hêtre). Il permettra d’étudier la régulation interne des espèces très longévives exposées à de forte variations climatiques annuelles, voire à des événements extrêmes.

Les recherches faciliteront l’identification des gènes impliqués dans l’adaptation à l’environnement ou dans les relations entre racines et champignons mycorhiziens comme le mycélium de la truffe. Elles permettront l’identification des gènes responsables de la biosynthèse des extractibles du bois, tels que les tannins et whisky lactone  qui confèrent leur saveur et leur goût aux vins et alcools.  Ces recherches ouvrent des perspectives dans des domaines plus appliqués, en réponse aux multiples questions sociétales portant sur l’évolution des forêts.

Conformément aux accords internationaux des Bermudes (1998) et de Fort Lauderdale (2003), ainsi qu’à la déclaration de Toronto (2009), les données du séquençage du génome du chêne sont mises librement à disposition de la communauté scientifique (www.oakgenome.fr).

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