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Le Consortium  » Terragenome » veut connaitre les bactéries du sol

Pascal SIMONET , responsable du programme « Terragenome » consortium international pour séquencer le métagénome du sol présentera ce mardi 23 mars, à l’Académie des Sciences, un point sur ce programme lancé il y a un peu plus d’un an. Les travaux du consortium sont menés par l’équipe « Génomique Microbienne Environnementale » (Environmental Microbial Genomics Group) du laboratoire Ampère qui réunit des chercheurs de l’Université Claude Bernard, du CNRS , de l’INSA et de l’Ecole Centrale de Lyon.


Un résumé de la communication de Pascal Simonet est présenté par l’Académie des Sciences. Enviscope présente cette communication. L’activité microbienne du sol est capitale pour la vie sur Terre. Les microorganismes telluriques sont des acteurs essentiels des grands cycles biogéochimiques terrestres comme ceux du carbone et de l’azote. La démarche du consortium s’appuie sur un autre constat, réalisé par les pratiquants de l’agriculture biologique : la fertilité et la désertification des sols dépendent fortement de la présence et des activités que réalisent bactéries, archaea, eucaryotes microscopiques des sols.


Ces colonies de microbes constituent un potentiel considérable de fonctions utiles à l’homme, pour sa santé (nouveaux médicaments), celle de son environnement (traitement despollutions chimiques des sols, bioremédiation), son alimentation (amélioration de la croissance des plantes, protection contre les pathogènes).


On ne connaît encore que très imparfaitement la vulnérabilité de ces microorganismes aux différents types de perturbations auxquels ils peuvent être confrontés. Sont-ils eux aussi menacés par l’érosion de la biodiversité, dans quelle mesure la redondance de fonctions entre différents taxons bactériens permet-elle de compenser cette possible érosion populationnelle, les mécanismes de résilience tant populationnelle que fonctionnelle sont-ils suffisamment puissants pour maintenir un fonctionnement optimal des écosystèmes lorsque ceux-ci sont soumis à des stress comme lors du changement d’utilisation des terres ou en réponse aux changements climatiques ?


Ces problématiques, déjà d’actualité, vont prendre une importance considérable. La difficulté rencontrée pour répondre à ces questions tient au fait que les communautés microbiennes des sols, qui représentent le plus important réservoir de biodiversité demeurent largement méconnues, inexplorées et donc sous-exploitées du fait que seule une infime proportion de ces organismes peut être cultivée in vitro.


Deux approches


Pour connaitre ce patrimoine génétique, deux approches ont été développées. La métagénomique consiste à extraite directement l’ADN bactérien du sol sans étape de mise en culture préalable. Des méthodes de séquençage à très haut débit permettent une analyse du potentiel génétique des communautés microbiennes.


L’information produite permettra de révéler progressivement toute la diversité de ce monde microscopique, leur mode d’évolution et d’adaptation, les interactions qui régissent tant le développement des différentes populations que les fonctions que chacune peut réaliser séparément ou en association.


michel.deprost@enviscope.com



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