Les futures régions devront améliorer la ligne Lyon-Bordeaux
Les futures régions Auvergne-Rhône-Alpes et Aquitaine-Limousin-Poitou Charente devront améliorer la liaison transversale Lyon-Bordeaux pour laquelle la fréquentation est faible.
La transversale Bordeaux-Lyon comporte deux branches. La branche Sud passe par Brive-la-Gaillarde et Clermont-Ferrand. La branche Nord passe par Limoges, Guéret, Montluçon et Roanne et Saint-Germain au Mont d’Or. Deux dessertes hebdomadaires sont proposées sur la branche Sud et jusqu’en 2012 une desserte quotidienne était proposées au Nord. Les trafics y étaient faibles, voire très faibles, et peu de voyageurs empruntaient l’une ou l’autre branche de bout en bout, en raison de temps de parcours dissuasifs dus à la configuration et à l’état des voies.